MBR膜生物反應器膜孔堵塞清理時使用微孔曝氣器，通過曝氣產生的氣泡及水流，使膜絲充抖動對膜進行擦洗。同時采用間歇的運行方式，自吸泵抽吸 13 分鐘，停止 2 分鐘，可防止膜孔堵塞，使長期的穩(wěn)定運行成為可能。初始使用時，生化池微生物培養(yǎng)達到活性好，粘性較小時，膜片才開始投入運行。系統運行時，采用恒定流量辦法，嚴格禁止出水流量不穩(wěn)定
      堿性清洗液清洗法：可以有效去除MBR膜生物反應器中蛋白質污染,破壞凝膠層,使其從膜表面剝離下來。酸類清洗劑可以溶解并去除無機礦物質和鹽類,溶出結合在凝膠層和水垢層中的銅、鎂等無機金屬離子,將殘存的凝膠層和水垢層從膜表面徹底清洗以恢復其通透能力。使用酸或堿液清洗時,膜組件若浸泡時間過長,會重新吸附被酸和堿溶液溶解的有機物,故需把握適當的清洗時間。此外,在清洗過程中應盡量避免酸、堿、氧化劑過量而泄漏到反應器中。
      海綿球清洗法：用水力控制海綿球經過MBR膜生物反應器膜表面,可以強行去除膜表面的污染物,但去除硬質污垢時易損傷膜表面,需小心操作。對平片膜組件只用簡單的在線海綿擦洗,便可以基本恢復膜通量,從而起到了減少化學清洗次數,降低清洗費用的作用。